Un misterioso fungo atomico appare all'improvviso nel cielo e sconvolge la vita dei residenti di Jericho, una piccola cittadina del Kansas, lasciandoli completamente isolati e nel dubbio di essere gli unici cittadini americani rimasti in vita dopo un attacco nucleare. Terrore, rabbia e confusione cominciano a diffondersi fra i cittadini, e in questa strana occasione riemergeranno molti segreti e scheletri nell'armadio.
Jake, figlio del sindaco della città Johnston Green, sparito da 5 anni portando con sè una certa cattiva fama, passa dallo stato di fuggiasco a quello di eroe, capace di organizzare le poche risorse rimaste per garantire la sopravvivenza dei cittadini del paese.